Una malaltia en la qual el sistema immune, naturalment, dissenyat per a protegir el cos dels invasors estrangers com ara virus i bacteris, en canvi es torna contra i provoca danys als teixits sans del cos. El sistema immunitari és una organització complexa dins del cos que està dissenyat normalment per "buscar i destruir" invasors del cos, incloent-hi agents infecciosos. Pacients amb autoimmunes malalties sovint tenen anticossos inusuals que circulen a la sang que apunten els seus propis teixits corporals.

Exemples de malalties autoimmunitàries són lupus eritematós sistèmic, síndrome de Sjögren, Hashimoto Hashimoto, artritis reumatoide, la diabetis juvenil (tipus 1), la polimiositis, esclerodèrmia, Addison malaltia, vitíligo, anèmia perniciosa, glomerulonephritis i fibrosi pulmonar.

Malalties autoimmunes són més freqüents en dones que en homes. Consideren que l'estrogen de femelles poden influir en el sistema immune per predisposar algunes dones a les malalties autoimmunes. a més, la presència d'un autoimmune malaltia augmenta la probabilitat de desenvolupar una altra malaltia autoimmune simultània.