Un grup de tècniques per a la identificació de llocs d'Unió proteica l'ADN. En dimethylsulfate (DMS) petjada, per exemple, un fragment de ADN etiquetada final és parcialment metilat a residus guanidine amb DMS, llavors exposats a la proteïna d'unió a ADN. El material és electrophoresed en un no-desnaturalitzants polyacrylamide gel per separar els fragments que estan metilades en la seqüència d'unió a proteïnes (i ja no s'unirà) d'aquells que són només un altre lloc metilat i serà menys mòbils a causa de la proteïna enquadernat. Gel de dues bandes són llavors eluted i trossejats amb conté als llocs metilades. Comparació de les escales de la divisió de les dues preparacions es mostraran únics bandes metilació i divisió per residus en el material no vinculant que eren essencials per la Unió. a petjada de protecció un ADN fragment amb i sense una proteïna d'Unió està sotmès a divisió en zones no vinculant, per exemple, metilació parcial i escot els conté. El material està separat en un gel de la seqüenciació i l'escala de la preparació de proteïnes limitats mostrarà una bretxa (la petjada) en la seva seqüència on la proteïna ha obligat, en comparació amb l'escala de l'ADN 'nu'. Petjada de protecció pot ser aplicada a cèl·lules intactes i en comparació amb l'ADN nu a vitro com el control. En aquest cas, mediada lligand PCR s'utilitza per etiquetar i amplificar àrees desitjades de l'ADN. Altres mètodes de desdoblament són els DNase i pels radicals hidroxil (OH ).