Badia de San Francisco és un estuari profund i productiva a través del qual l'aigua drenen des de aproximadament quaranta per cent de Califòrnia, que flueix en els rius de les muntanyes de Sierra Nevada, Sacramento i San Joaquin entra en l'oceà Pacífic. Concretament, tant cabal de rius en la badia Suisun, que flueix a través de l'estret de Carquinez per reunir-se amb el riu Napa a l'entrada a la badia de San Pablo, que connecta al seu extrem sud de la badia de San Francisco.