Manaphy és un Pokémon petit, blau, aquàtic. Té peus rabassuts i semblants a Maces braços que són més llargues que el cos. Manaphy ha una Gemma de color vermell en el seu pit i un punt groc per sota de la Gemma. Manaphy ha un capçal en forma de ceba amb un parell d'antenes llargues blaus, que tenen petites esferes a l'extrem. Lliris Manaphy són blau fosc, encara que les porcions més externa dels seus ulls són grocs, amb dos punts grocs de marques "cella" que s'estén des dels ulls. Vuitanta per cent del cos de Manaphy està formada per l'aigua i és altament susceptible de l'entorn. Una d'aquestes reaccions és que quan Manaphy reprodueix en un oceà que sigui més càlid que aquells que són natives d, l'infant serà un Phione en lloc de Manaphy un altre.